小麦细胞色素P450基因克隆及其序列研究
2018-03-27高璇
高璇
(山东农业工程学院,山东济南250000)
细胞色素P450广泛地分布在动物、植物和微生物中。P450在高等植物的微粒体、液泡膜、线粒体膜等中大量存在,其中在微粒体中的含量最高。植物的各器官中,叶片中含有的细胞色素P450最高,其次是花朵、茎中。植物细胞色素P450对植物本身有着非常多作用,有助于植物新陈代谢,合成或分解激素,还能抵御生物以及非生物胁迫,用于合成花粉孢粉素等。
1 细胞色素P450的发现
1969年,D.S.Frear等人首次在棉花中发现了细胞色素P450,随后在更多的植物中发现了P450,如小麦、水稻中[1]。根据现阶段的研究成果,P450的基因数目占据了物种总基因数目的1%,说明了细胞色素P450基因的多样化。小麦作为我国主要的粮食作物之一,在生长过程中,P450基因发挥着重要的作用,能提升小麦的抗逆性,丰富其抗性基因资源。参照以往的小麦细胞色素P450研究成功,发现小麦P450能解毒和促进代谢和氧化等。Cabello-Hurtado等人从小麦中提取了编码钝叶醇的CYP51基因,酵母中表达该基因,能增强羊毛甾去甲基化的活性[2]。Forthoffer等人研究认为,有3个及以上的P450参与了除草机解毒过程,除草剂的毒性能提升P450的活性[3]。小麦中的一个P450基因和赤霉病的抗性也有着密切的联系,这个P450基因在抗性品种中的表达量非常高,说明P450基因对于小麦解毒和防御起着积极的效应。
2 试验材料和方式
2.1 试验材料
本次研究材料选择某小麦品种,使用Trizol试剂盒,RACE试剂盒(美国Invitrogen公司),从Fermentas公司购入反转录试剂,另外试验用到的Ex Taq酶、pMD18-T载体从Transgen公司购入。
2.2 试验方法
2.2.1 提取小麦基因组DNA和总RNA
使用Trizol方法提取小麦叶片中的RNA,使用CTAB方法提取基因组中的DNA,根据反转录试剂盒对RNA进行反转录,得出完整的cDNA链,并将其在-20℃的环境下保存。
2.2.2 克隆TaP450基因
使用已知的小麦P450基因序列在数据库中搜索,将得出的序列进行拼接比对,获取到68个Contig,选出和已知小麦P450基因差异较大的序列研究。研究中将该拼接序列作为模板,并设计引物TaP450-S和TaP450-A,其中TaP450-S的序列为5'-CCTCTTCCTGCTCCACTACA-3';TaP450-A 引 物的 序 列 为5'-GCCTTATTACGCCAACAACGC-3'[4]。用小麦叶片cDNA作为模板进行PCR的扩增。在94℃下预变性5min,94℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸1.5min,75℃延伸10min,对目的条带连接pMD18-T载体进行测序,依照测试结果设计5'-RACE引物和3'-RACE引物,进行RACE扩增,连入pMD18-T进行载体测序,拼接获得TaP450基因的全长cDNA序列。
2.2.3 TaP450基因生物信息学分析和基因组序列克隆
使用ExPASy软件,对TaP450基因编码蛋白的分子量等进行分析。在对Ta基因组序列进行克隆时,以小麦叶片中基因组DNA作为模板,使用引物TaP450-gS(序列:5'-AGAAGAGATGAACCACGAA-3')以及TaP450-gA(序列:5'-GCCTTATTACGCCAACAAGC-3')进行PCR的扩增,反应程序是94℃预变性5min,94℃变性30s,53℃时退火30s,72℃时延伸5min,30个循环,72℃时延伸10min。将扩增片段连入到pMD18-T载体进行测序,从而获得TaP450的基因组序列[5]。
2.2.4 TaP450组织特异性表达和胁迫处理表达
将小麦叶子、茎部、根部以及种子的总RNA提取,经过反转录得到cDNA,用小麦Actin基因为内参,检测TaP450在小麦不同部位的相对表达量。对TaP450进行胁迫处理时,选用状态一致小麦,使用200mmol/L的NaCl浸泡24h,20%的PEG6000浸泡24h,用100μmol/L的ABA叶面喷施,恢复生长24h。损伤叶子恢复生长24h。提取叶片总RNA,反转录得到cDNA,检测TaP450在多种胁迫下的相对表达量[6]。
2.2.5 半定量RT-PCR检测
用小麦的Actin作为内参,使用TaActin-S(序列:5'-AGCCATACCGTGCCAATC-3')和引物TaActin-A(序列:5'-AGAGCCTCCAATCCAGAC-3'),反应程序是94℃预变性5min,94℃变性30s,50℃退火30s,72℃延伸30s,经过28个循环后在72℃下延伸10min,根据TaP450基因设计引物TaP450-RTS(序列:5'-ATGTCAGAGGAGGCCCAGGAGTTCA-3')和引物TaP450-RTA(序列:5'-ATGTCAGAGGAGGC CCAGGAGTTCA-3'),实施组织器官表达和胁迫处理表达,反应程序在94℃下预变性5min,94℃变性30s,55℃退火30s,72℃延伸30s,经过28个循环后72 ℃延伸 10min。
3 结果与分析
3.1 TaP450基因克隆和序列分析
PCR扩增后得到长为1546bp的目的条段,这片段序列和拼接序列大致相同,存在3个碱基差异。对5'-RACE和3'-RACE扩增后将三条序列拼接,得到长为2033bp的DNA片段,这个片段有长度为1557bp的开放读码框,有polyA尾[7]。
3.2 TaP450编码蛋白生物信息
TaP450基因编码蛋白中的氨基酸数量有518个,分子量是57.092kD,等电点是8.63。TaP450蛋白N端有长度29的氨基酸跨膜结构和长度22的氨基酸信号钛。通过分析得出该蛋白是分泌蛋白,和已知的P450蛋白比对,该蛋白和已知的P450蛋白的氨基酸序列不同,存在着很大差异,序列相似性低。
3.3 TaP450基因组序列克隆分析
用小麦基因组DNA作为模板,进行PCR扩增,得到长度为2643bp的DNA片段。经过对比发现基因组序列中有长度为1086 bp的内含子,两个外显子的长度分别为942bp和615bp。
3.4 TaP450基因特异性表达和胁迫表达
经过分析后发现,TaP450基因在小麦中的多个部位都有表达,其中在小麦的叶片中的表达量最高,在小麦的根部的表达量较低。胁迫表达分析方面,设置了不同的胁迫条件,对不同环境下TaP450表达量变化作出了检测。通过对检测结果的研究,发现TaP450在受到盐、机械损伤后,表达量出现明显的上调。经过PEG6000以及冷处理时,表达量的变化不明显[8]。对比得出结论,说明TaP450基因对盐、机械损伤等比较的敏感,对冷处理等不敏感。不同胁迫处理后,发现TaP450基因对盐胁迫最为敏感,得出TaP450基因和盐胁迫的关系密切。
4 结语
P450作为一种氧化酶,有着强大的功能,能促进小麦的新陈代谢,并有着解毒的功效。本次研究中从小麦中提取了一个新的P450基因——TaP450,这个新的TaP450基因和已知的P450基因存在着较大的差异性,并且TaP450基因在小麦的各个部位都有表达,其中在小麦的叶片和颈部的含量最高,在种子以及根部的表达量较低。受到多种环境胁迫时,发现TaP450基因对机械损伤在盐胁迫下的表达量上调较为明显,其中以在盐胁迫下的表达最为显著,说明了TaP450基因和逆境胁迫相关。研究中,TaP450基因在水杨酸处理下上调,表明了该基因在一定程度上能增强小麦的抗病性。通过对小麦的蛋白序列进行分析,发现TaP450蛋白N端的信号钛,证明了属于分泌蛋白。对TaP450基因的克隆和表达分析,发现了新的P450成员,为增强小麦的抗逆性提供了帮助。