中国生物医学文献服务系统（SinoMed）安装更新与维护的实践研究

史艳莉，刘爱中，王 静，郑 萍，唐春霞

中国生物医学文献服务系统（SinoMed）安装更新与维护的实践研究

史艳莉，刘爱中，王 静，郑 萍，唐春霞

介绍了服务器重新安装更新与维护中国生物医学文献服务系统（SinoMed）的必要性，从SinoMed对软硬件需求、数据库平台安装、检索平台安装、系统数据的导入更新、系统启动及维护及SinoMed的应用等方面进行了具体的阐述，最后指出了SinoMed的安装更新与维护能更好地服务于用户，提高用户的使用率、检索率。

中国生物医学文献服务系统（SinoMed）；系统安装；数据更新；数据库维护

0 引言

中国生物医学文献服务系统（SinoMed）在全面涵盖中国生物医学文献数据库（CBM）的基础上，新增了西文生物医学文献数据库（WBM）、日文生物医学文献数据库、俄文生物医学文献数据库、英文会议文摘数据库、北京协和医学院博硕学位论文库等多种资源，学科范围广泛，年代跨度大。该文献服务系统是由中国医学科学院医学信息研究所/图书馆开发研制的，涵盖资源丰富，能全面、快速反映国内外生物医学领域研究的新进展；功能强大，是集检索、开放获取、个性化定题服务、全文传递服务于一体的生物医学中外文整合文献服务系统[1]。

SinoMed是基于Java技术开发的，易于维护和移植，使用了J2EE框架，具有良好的拓展性和稳定性[2]。用户通过B/S方式应用和管理平台。该平台内容包括：数据库、关系数据库、管理平台、检索平台。其中，SinoMed使用了国内知名的数据库作为后台检索服务的支撑平台[3]，实现了全文、模糊、精确等各类型检索以及相应的结果聚类等，展示了最新的检索技术；SinoMed使用MS SQL SERVER 2K/2005作为后台关系数据库支撑，存储平台的用户、检索配置、访问统计内容等；管理平台主要用于平台的各种配置管理；检索平台为用户提供检索、浏览等功能，镜像版的检索功能完全集成了网络版SinoMed的功能，并且拓展了镜像版的新功能[4]。

我院是中国生物医学文献服务系统的长期用户，由原来的CBMdisc数据库镜像版和网络版发展升级到现在的SinoMed文献服务系统，包括镜像版和中心版。镜像版即CBM题录版或题录文摘版，其用户仅限于独立法人IP范围内使用，并发用户数为50个[5]。中心版包括CBM题录版、CBM题录+引文版、WBM题录版，其用户登录方式是通过IP绑定，限并发用户50个，都是通过用户名密码登录方式。Sino-Med文献服务改版升级后，我院续订了SinoMed服务系统镜像版数据库，原服务器安装的CBMdisc数据库镜像版已不能适应现有的数据库系统，因此，服务器必须重新安装SinoMed文献服务系统。

1 SinoMed服务系统对软硬件需求

Sinomed服务系统对硬件的要求：服务器硬件最低配置内存为1 GB以上，CPU为双核或四核，存储空间150 GB以上；对软件的要求：操作系统为Windows 2K Server，Windows 2003 Server，WindowsXP，32位或64位，IE7.0以上版本，建议使用Windows 2003 Server；数据库的要求：MS SQL SERVER 2K/2005，需升级至SP3或SP4补丁。

2 SinoMed数据库平台的安装过程

Sinomed服务系统安装时，在Sino目录下有3个文件夹：（1）DB_IMPOT数据导入工具；（2）SEARCHDB数据库平台安装文件；（3）SinoMed检索平台安装文件。首先，进入数据库平台，打开DOS窗口，跳转到数据库平台安装文件。例如：数据库安装文件路径为E：SINOSEARCHDB，则在DOS窗口中输入盘符的命令提示符后按回车键，然后，输入“CD SINOSEARCHDB”回车后进入sino目录，再输入命令词tdbinstall后回车（如图1所示）。其次，设置数据库平台安装路径，系统提示“Input a target dir for TRS Server（e.g.:d: rshome）:”，即询问数据库的安装路径，输入数据库安装路径（如e: rshome）后按回车键，系统开始执行安装程序。第三，设置数据传输端口。安装过程出现系统提示“Input port number（8888）:”即输入数据传输端口号。特别注意：要选择未被系统占用的端口，输入后回车（如图2所示）。第四，选择数据库平台启动模式。推荐使用自启动模式，即输入“1”之后回车。最后，数据库平台安装完成。系统提示“Installation is completed”，便重启服务器。

图1 安装时输入命令词tdbinstall

图2 输入数据传输端口号

SinoMed检索平台安装特别说明：（1）本地已经正确安装了关系型数据库MS SQL SERVER 2K/ 2005，且升级至SP3或者SP4补丁。（2）MS SQL SERVER安装时模式为混合认证登录模式。（3）本地SQL SERVER已经启动。（4）SinoMed系统在安装时会自动安装My SQL数据库，请在安装前确认本地是否已经安装了一个My SQL数据库，如果已经存在MySQL数据库，请修改已存在的MySQL数据库端口号。（5）测试本地是否占用了http的常用服务端口80[6]。

3 SinoMed检索平台安装步骤

具体操作步骤如下：

第一步，双击打开SINOSINOMEDSinoMed.exe（如图3所示）。选择中文简体，点击“OK”按钮。

第二步，安装程序介绍（如图4所示）。

图3 安装SinoMed程序界面

图4 运行SinoMed程序界面

第三步，点击“下一步”按钮，进入许可协议声明界面，点击“本人接受许可协议条款”，进入证书码输入界面，通过电话和邮件获得证书码并将其录入后，点击“下一步”按钮，选择安装路径（已有的或是新创建的）。

第四步，数据库SQL Server连接。系统默认SQL Server数据库为SINOMEDDB（如图5所示）。

图5 SinoMed与数据库连接

第五步，SinoMed数据库连接。输入SinoMed数据库平台的主机地址、端口号及相应的数据库平台安装路径，点击“下一步”按钮。如果出现提示“不能连接数据库平台”，请确认数据库平台IP地址、端口号及安装路径是否正确，或者数据库平台是否已经启动（如图6所示）。启动图标位置选择及查看安装摘要（如图7所示）。

最后，点击“安装”。进入系统安装直到安装完成（如图8所示）。

当SinoMed系统安装成功时，在服务器桌面上就显示“启动中国生物医学文献服务系统”和“关闭中国生物医学文献服务系统”2个图标。

图6 SinoMed与数据库设置

图7 安装程序需求说明

图8 完成SinoMed数据库安装

4 SinoMed系统数据的导入、更新及系统启动

4.1 数据的导入

SinoMed服务系统目录下DB_IMPOT文件经数据解压，且将所有解压数据存放在同一路径下，解压后的数据文件名称不允许修改。数据导入：打开SINODB_IMPORT文件夹，双击import.bat，出现DOS界面（如图9所示）。

图9 数据导入界面

显示SinoMed数据导入工具，并请输入数据库平台的执行端口号（如8888或8080）后按“回车”键显示输入数据路径，即备份文件路径，也是输入解压缩后“.bak”文件的位置（注意文件导入顺序），如G：datacbm1.bak，按“回车”键，执行数据导入。由于系统数据量巨大，系统导入过程执行时间较长，请不要关闭导入窗口（如图10所示）。

图10 选择导入数据

当数据导入完成后，显示共导入多少个数据库，当前处于完成状态，按任意键退出数据导入界面，返回到服务器桌面，此时的数据导入工作完成。

4.2 数据更新

将更新文件夹“update_20140102”和“更新程序（2014.0102）”拷入服务器本地硬盘分区中，所在路径不能包含中文路径符。打开“更新程序（2014.0102）”文件夹，双击“更新程序.bat”，出现DOS界面，输入数据库平台端口号后按“回车”键。命令提示输入winrar压缩软件的安装路径，如C：Program Files WinRAR，“回车”后命令提示输入2014年1月至2月更新数据文件夹路径，如f：update_20140102。程序开始自动执行，数据导入过程显示返回值为“0”则正常，反之则出现问题，需予以解决[7]。在数据更新过程中请勿终止此DOS窗口（如图11所示），直到DOS提示信息显示数据更新程序执行完毕，按任意键退出更新程序。

图11 数据更新过程

更新过程与数据导入相似，但又有不同之处，即导入新的数据库数据，覆盖删除老的数据库数据或相同数据，并说明更新文件的记录数和所用时间。

4.3 SinoMed系统启动

SinoMed文献服务系统启动，双击服务器桌面生成的“启动图标”，出现“启动中国生物医学文献服务系统”的DOS界面，直到显示如图12所示信息时，表示SinoMed数据库连接成功。特别说明，此窗口在运行SinoMed系统时不能关闭。打开浏览器窗口，输入SinoMed的登录网址“http：//本机IP：端口号”，即可进入SinoMed主页。

图12 SinoMed文献服务系统启动

5 SinoMed系统维护

当系统安装及启动时，出现端口号错误提示时，首先要确定MYSQL端口号与系统端口号是否冲突，如果冲突，则要修改MYSQL端口号，具体修改方法为：进入系统盘符的WINDOWS文件夹，找到my.ini文件，修改port=3306中的端口号；当系统端口被占用时，维护检测端口，如检测80端口是否被占用，选择开始菜单，点击开始—运行—输入“cmd”后回车，在DOS界面输入“telnet 127.0.0.1 80”后回车，显示“正在连接到127.0.0.1...不能打开到主机的连接，在端口80：连接失败”，则表示80端口未被占用，如果显示黑屏，表示80端口正在被系统占用[7]。修改SinoMed端口号找到SinoMed的系统安装路径（如E:SinoMed），打开E:SinoMed omcatconf中的server.xml文件，找到第71行port="80"的位置，修改为所需端口号。

6 SinoMed系统应用

SinoMed文献服务系统启动并进入检索界面，现就系统应用情况作以举例说明。首先针对所要检索的题目“改良式腓肠神经滋养血管皮瓣修复足踝部小腿损伤研究”，确定检索词，在检索入口录入检索词：“改良”、“腓肠神经”、“皮瓣”、“足踝部”等，并逐项进行检索[8]，将显示带有序号的检索结果。点击进入检索历史（如图13所示），对检索表达式进行组配，如：改良AND腓肠神经AND皮瓣AND（足损伤OR小腿损伤）,也可以使用序号运用逻辑符号AND、OR、NOT进行组配，如：#1 and#2 and#3 and（#4 or #5），检出结果与主题密切相关或相同的文献（如图14所示）。

7 结语

SinoMed文献服务系统将Java语言作为实现脚本，运用J2EE框架技术的拓展性和稳定性，通过B/S方式应用和管理平台，实现了数据采集—存储—发布—检索的整套流程[9]，而且数据库系统内容更加丰富、准确，给用户带来了全新的检索界面，能更好地服务于用户[10]，提高用户的使用率、检索率。

图13 检索历史界面

图14 检索结果界面

[1]中国生物医学文献服务系统[EB/OL].[2014-04-10].http：//www. sinomed.ac.cn/help/index.html.

[2]夏光辉，李军莲，钱庆.基于Mashup的SinoMed西文生物医学文献数据库功能拓展实现[J].医学信息学杂志，2010，31（11）：34-37.

[3]孙海霞，李军莲，李丹亚，等.文献数据库知识构建体系设计与实践——以SinoMed为例[J].图书情报工作，2013，57（20）：111-115.

[4]代涛，钱庆，胡铁军，等.“一站式”医学信息服务平台建设的理论与实践[J].医学信息学杂志，2009，31（1）：1-8，19.

[5]马豪，张宁，张明.SinoMed镜像版使用常见问题解析[J].医学信息学杂志，2012，33（8）：34-37.

[6]中国医学科学院医学信息研究所.中国生物医学文献服务系统（SinoMed）安装手册[M].北京：中国医学科学院医学信息研究所，2009：1-19.

[7]陈万福，罗臻，张颖，等.中国生物医学文献服务系统（SinoMed）功能缺陷分析[J].中华医学图书情报杂志，2011，20（11）：55-58，62.

[8]刘妮波.医学文献分类工具网络化研究[D].北京：北京协和医学院，2012.

[9]北京拓尔思信息技术股份有限公司.中国医学科学院医学信息研究所：新型数字图书馆发展模式[EB/OL].[2011-05-27].http：// www.trs.com.cn/soluase/case/case-zhongguoyixiuekexueyuan.html.

[10]钱庆，李军莲，李丹亚，等.面向用户的自建信息资源整合平台建设[J].医学信息学杂志，2009，30（1）：9-13，19.

（收稿：2014-04-11 修回：2014-07-20）

Installation,update and maintenance of Chinese Bio-Medical Literature Service System

SHI Yan-li1,LIU Ai-zhong1,WANG Jing2,ZHENG Ping1,TANG Chun-Xia1
（1.Department of Information,Urumqi General Hospital of Lanzhou Military Area Command,Urumqi 830000,China; 2.Department of Pediatric Surgery,Children's Hospital of Urumqi,Urumqi 830002,China）

The necessity for installing and maintaining Chinese Bio-Medical Literature Service System (SinoMed)is introduced in the server,which is discussed from the hardware and software requirements,database installation,inquiry platform installation,introduction and update of system data,system startup and maintenance and application.Installation, update and maintenance of SinoMed may enhance the satisfaction of the user.[Chinese Medical Equipment Journal，2015，36（1）：120-123]

SinoMed;system installation;data update;database maintenance

R318；R-05；TP311.13

A

1003-8868（2015）01-0120-04

10.7687/J.ISSN1003-8868.2015.01.120

史艳莉（1976—），女，高级工程师，主要从事文献数据库设计、应用与维护方面的研究工作，E-mail：shiyanli_1228@163.com。

830000乌鲁木齐，兰州军区乌鲁木齐总医院信息科（史艳莉，刘爱中，郑 萍，唐春霞）；830002乌鲁木齐，乌鲁木齐儿童医院儿外科（王静）