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五个天祝白牦牛群体近交程度分析

2014-08-30张浩

湖北畜牧兽医 2014年5期
关键词:牦牛

张浩

摘要:为了研究天祝白牦牛群体的近交程度,以5个天祝白牦牛群体共计598头牦牛为研究对象,借助FAO推荐的17个微卫星座位对群体的近交程度做了评估,结果在JDL、LZH两个群体检测到了一定程度的近交,但差异不显著(P>0.05),而在其他群体显著(0.01

关键词:牦牛;微卫星DNA;近交分析

中图分类号:S814.8文献标识码:A 文章编号:1007-273X(2014)05-0007-03

微卫星DNA广泛分布在各种真核生物基因组中,多态性丰富[1,2],其遵循孟德尔遗传规律,呈共显性遗传[3],广泛应用于动植物群体遗传多样性的检测、群体遗传结构的评估以及群体内个体的识别、亲权关系的鉴定,也可应用于分析动物群体内近交程度,用于群体内近交系数的计算。天祝白牦牛是中国稀有而珍贵的地方类群。天祝白牦牛保种采用活体保种的方式,公母羊混养,自然交配,无交配记录,为了分析群体内部遗传的多样化水平,同时也为了搞清其内部是否存在近交,对天祝白牦牛的种质资源进行合理评估,本研究借助FAO推荐的17个微卫星座位来研究5个天祝白牦牛群体内的近交程度,以期为白牦牛资源的保护和利用提供理论依据。

1材料与方法

1.1材料

以甘肃省天祝县5个白牦牛群体JDL、JDW、JZMJ、LZH、WYCH为研究对象,样本容量分别为97、111、134、122、134头,共计598头,来研究天祝白牦牛群体近交程度。牦牛经颈静脉采血,-20 ℃冰箱保存备用。

1.2方法

1.2.1基因组DNA提取及检测酚氯仿抽提法[4]提取全基因组DNA,用灭过菌的双蒸水溶解DNA后,通过ND-1000型紫外分光光度计检测DNA的浓度和纯度,0.5%琼脂糖凝胶电泳检测提取的DNA是否降解。检验合格-20 ℃冰箱保存备用。

1.2.2引物信息采用FAO(http://dad.fao.org/)推荐的17个牦牛微卫星位点,微卫星位点尽量分布在不同的染色体上。引物在生物工程(北京)有限公司合成,采用PAGE方法纯化。微卫星引物信息见表1。

1.2.3PCR扩增及产物检测PCR扩增反应采用15 μl体系:10×Taq Buffer 1.5 μL,dNTP Mixture(10 mmol/L)1.0 μL,上下游引物(10 pmol/mL)各0.2 μL,DNA模板(25 ng/μL)1.0 μL,Taq Polymerase(5 U/μL)0.3 μL,ddH2O补足至15 μL。Taq Buffer、dNTP Mixture以及Taq Polymerase 等购自天根生化科技(北京)有限公司。

PCR扩增程序:95 ℃预变性5 min;95 ℃变性30 s,退火30 s,72 ℃延伸30 s,35个循环;72 ℃复性10 min。PCR产物用2%琼脂糖凝胶电泳检测。

PCR产物经2% 琼脂糖凝胶检测,以天根生化科技有限公司产DNA Marker Ⅰ为分子量标准,150 V电泳10 min,通过UV-1000型凝胶成像系统查看PCR扩增效果及条带大小,照相保存。

1.2.5统计分析Fstat 2.9.3软件[5]用以计算群体内的近交系数。

2结果与分析

摘要:为了研究天祝白牦牛群体的近交程度,以5个天祝白牦牛群体共计598头牦牛为研究对象,借助FAO推荐的17个微卫星座位对群体的近交程度做了评估,结果在JDL、LZH两个群体检测到了一定程度的近交,但差异不显著(P>0.05),而在其他群体显著(0.01

关键词:牦牛;微卫星DNA;近交分析

中图分类号:S814.8文献标识码:A 文章编号:1007-273X(2014)05-0007-03

微卫星DNA广泛分布在各种真核生物基因组中,多态性丰富[1,2],其遵循孟德尔遗传规律,呈共显性遗传[3],广泛应用于动植物群体遗传多样性的检测、群体遗传结构的评估以及群体内个体的识别、亲权关系的鉴定,也可应用于分析动物群体内近交程度,用于群体内近交系数的计算。天祝白牦牛是中国稀有而珍贵的地方类群。天祝白牦牛保种采用活体保种的方式,公母羊混养,自然交配,无交配记录,为了分析群体内部遗传的多样化水平,同时也为了搞清其内部是否存在近交,对天祝白牦牛的种质资源进行合理评估,本研究借助FAO推荐的17个微卫星座位来研究5个天祝白牦牛群体内的近交程度,以期为白牦牛资源的保护和利用提供理论依据。

1材料与方法

1.1材料

以甘肃省天祝县5个白牦牛群体JDL、JDW、JZMJ、LZH、WYCH为研究对象,样本容量分别为97、111、134、122、134头,共计598头,来研究天祝白牦牛群体近交程度。牦牛经颈静脉采血,-20 ℃冰箱保存备用。

1.2方法

1.2.1基因组DNA提取及检测酚氯仿抽提法[4]提取全基因组DNA,用灭过菌的双蒸水溶解DNA后,通过ND-1000型紫外分光光度计检测DNA的浓度和纯度,0.5%琼脂糖凝胶电泳检测提取的DNA是否降解。检验合格-20 ℃冰箱保存备用。

1.2.2引物信息采用FAO(http://dad.fao.org/)推荐的17个牦牛微卫星位点,微卫星位点尽量分布在不同的染色体上。引物在生物工程(北京)有限公司合成,采用PAGE方法纯化。微卫星引物信息见表1。

1.2.3PCR扩增及产物检测PCR扩增反应采用15 μl体系:10×Taq Buffer 1.5 μL,dNTP Mixture(10 mmol/L)1.0 μL,上下游引物(10 pmol/mL)各0.2 μL,DNA模板(25 ng/μL)1.0 μL,Taq Polymerase(5 U/μL)0.3 μL,ddH2O补足至15 μL。Taq Buffer、dNTP Mixture以及Taq Polymerase 等购自天根生化科技(北京)有限公司。

PCR扩增程序:95 ℃预变性5 min;95 ℃变性30 s,退火30 s,72 ℃延伸30 s,35个循环;72 ℃复性10 min。PCR产物用2%琼脂糖凝胶电泳检测。

PCR产物经2% 琼脂糖凝胶检测,以天根生化科技有限公司产DNA Marker Ⅰ为分子量标准,150 V电泳10 min,通过UV-1000型凝胶成像系统查看PCR扩增效果及条带大小,照相保存。

1.2.5统计分析Fstat 2.9.3软件[5]用以计算群体内的近交系数。

2结果与分析

摘要:为了研究天祝白牦牛群体的近交程度,以5个天祝白牦牛群体共计598头牦牛为研究对象,借助FAO推荐的17个微卫星座位对群体的近交程度做了评估,结果在JDL、LZH两个群体检测到了一定程度的近交,但差异不显著(P>0.05),而在其他群体显著(0.01

关键词:牦牛;微卫星DNA;近交分析

中图分类号:S814.8文献标识码:A 文章编号:1007-273X(2014)05-0007-03

微卫星DNA广泛分布在各种真核生物基因组中,多态性丰富[1,2],其遵循孟德尔遗传规律,呈共显性遗传[3],广泛应用于动植物群体遗传多样性的检测、群体遗传结构的评估以及群体内个体的识别、亲权关系的鉴定,也可应用于分析动物群体内近交程度,用于群体内近交系数的计算。天祝白牦牛是中国稀有而珍贵的地方类群。天祝白牦牛保种采用活体保种的方式,公母羊混养,自然交配,无交配记录,为了分析群体内部遗传的多样化水平,同时也为了搞清其内部是否存在近交,对天祝白牦牛的种质资源进行合理评估,本研究借助FAO推荐的17个微卫星座位来研究5个天祝白牦牛群体内的近交程度,以期为白牦牛资源的保护和利用提供理论依据。

1材料与方法

1.1材料

以甘肃省天祝县5个白牦牛群体JDL、JDW、JZMJ、LZH、WYCH为研究对象,样本容量分别为97、111、134、122、134头,共计598头,来研究天祝白牦牛群体近交程度。牦牛经颈静脉采血,-20 ℃冰箱保存备用。

1.2方法

1.2.1基因组DNA提取及检测酚氯仿抽提法[4]提取全基因组DNA,用灭过菌的双蒸水溶解DNA后,通过ND-1000型紫外分光光度计检测DNA的浓度和纯度,0.5%琼脂糖凝胶电泳检测提取的DNA是否降解。检验合格-20 ℃冰箱保存备用。

1.2.2引物信息采用FAO(http://dad.fao.org/)推荐的17个牦牛微卫星位点,微卫星位点尽量分布在不同的染色体上。引物在生物工程(北京)有限公司合成,采用PAGE方法纯化。微卫星引物信息见表1。

1.2.3PCR扩增及产物检测PCR扩增反应采用15 μl体系:10×Taq Buffer 1.5 μL,dNTP Mixture(10 mmol/L)1.0 μL,上下游引物(10 pmol/mL)各0.2 μL,DNA模板(25 ng/μL)1.0 μL,Taq Polymerase(5 U/μL)0.3 μL,ddH2O补足至15 μL。Taq Buffer、dNTP Mixture以及Taq Polymerase 等购自天根生化科技(北京)有限公司。

PCR扩增程序:95 ℃预变性5 min;95 ℃变性30 s,退火30 s,72 ℃延伸30 s,35个循环;72 ℃复性10 min。PCR产物用2%琼脂糖凝胶电泳检测。

PCR产物经2% 琼脂糖凝胶检测,以天根生化科技有限公司产DNA Marker Ⅰ为分子量标准,150 V电泳10 min,通过UV-1000型凝胶成像系统查看PCR扩增效果及条带大小,照相保存。

1.2.5统计分析Fstat 2.9.3软件[5]用以计算群体内的近交系数。

2结果与分析

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