典型轴手性D分子F被H取代的衍生物结构特性的理论研究
2014-04-24罗香怡辛春雨张恩杰于天荣王佐成
罗香怡,辛春雨,张恩杰,于天荣,王佐成
(白城师范学院物理学院,吉林 白城 137000)
0 引言
目前用于临床的许多药物及氨基酸多具有手性,对氨基酸及手性药物的结构特性[1-3]及其分子内部氢转移和低温相变过程[4-6]的研究人们已经进行了大量的工作.D分子C18H12F2[7]是目前研究手性分子的相关特性经常用到的一种分子,它具有典型的轴手性特点.对有发展前途且结构新的手性药物的创新研究,主要是天然产物及其衍生物,研究其立体几何结构对了解生物活性、药效、代谢和毒性的相关性具有重要意义[8].构成D分子结构的C原子、F原子以及H原子被取代后,可以得到很多具有实际应用价值的手性药物分子.因此,研究D分子及其衍生物的结构特性,具有普遍的意义.由于F原子很容易与H结合,生成具有极强化学键的HF.因此对于D分子的衍生物,着重研究两个F原子其中之一被H分别取代及同时被H取代的情况.由于手性分子的镜像对称性,本工作只对D分子的光学纯的一种结构的F原子被H取代的衍生物结构特性进行了理论研究.这同时为我们继续研究它们的手型转变过程,做了必要的准备工作.
1 研究与计算方法
研究方法是,先构造出D分子的两个F原子其中之一被H分别取代及同时被H取代的较可能的立体结构,计算这几个结构的势能面上的最低单点能及红外振动频率,没有虚频说明结构是稳定的,通过分析它们的几何结构变化、电荷布居变化、红外振动频率及前线分子轨道,得到一些有实际意义的信息.
计算方法是,用密度泛函理论的 b3lyp[9-11]方法,采用6-31+g(d,p)基组,在 b3lyp/6-31+g(d,p)的理论水平上,用Gaussian03进行单重态势能面上的极小值的计算与几何结构优化,进行红外振动频率及前线分子轨道的理论计算.文中分子立体结构图、红外振动谱、前线分子轨道图均由GaussView3.0依据Gaussian03的计算结果而生成.
2 结果与分析
2.1 D分子对映体D1的F被H取代后的立体结构
D分子对映体D1的立体结构[7]见图1,7C—15C左侧两苯环基本处在同一平面内,1C、2C、3C、6C和7C、13C、14C、15C分别处在两个不同的平面M和N,4C、5C和2C、3C分别位于于M和N平面的下方.
图1 D1的立体结构图
图2 D1的19F被H取代后的立体结构
图3 D1的20F被H取代后的立体结构
图4 D1的F均被H取代后的立体结构
当19F、20F被H分别取代和都取代后,我们利用GaussView3.0构造出其可能的立体结构(图略),将此结构的坐标作为输入文件,用基于密度泛函的b3lyp方法,采用6-31+g(d,p)基组,使用Gaussion03在b3lyp/6-31+g(d,p)理论水平上进行了优化,计算了单重态势能面上的极小值与红外振动频率.优化后结构的见图2、图3 和图4.能量分别为:E1(RB3LYP)= -793.6180 a.u、E2(RB3LYP)= -793.6165 a.u、和E3(RB3LYP)=-694.3758 a.u,频率计算结果见图5、图6和图7是均无虚频,说明我们优化后的结构为稳定构型.
图5 D1的19F被取代后红外振动谱
图6 D1的20F被取代后红外振动谱
图7 D1的F均被H取代后红外振动谱
从三种衍生物的红外振动谱可以看出,当19F、20F被H分别取代时,低频振动情况基本相同,但高频有很大差异,20F被H取代时,在freq=3000处,振动强度多一个峰值,说明此衍生物在该频率下解离强度较19F被H分别取代时大.当19F、20F均H分别取代时,在低频只有freq=850附近有一峰值,说明其C—C键断裂几率小于另外两种衍生物.但在高频freq=3000~3200附近有三个峰值,说明其C—H键断裂强度较大.
2.2 D分子对映体D1的F被H取代后的前线分子轨道
用密度泛函的b3lyp方法,采用6-31+g(d,p)基组,使用Gaussion03在b3lyp/6-31+g(d,p)理论水平上得到D1的F被H取代后的三种衍生物前线分子轨道:最高占据轨道(HOMO)和最低非占据轨道(LUMO)见图 8、9、10.
图8 D1的19F被H取代后的前线分子轨道
图9 D1的20F被H取代后的前线分子轨道
图10 D1的F均被H取代后的前线分子轨道
当19F、20F被H分别取代时,HOMO和LUMO电子密度分布不相同,说明这说明这两种衍生物具有不同的光电性质.
从图8、9、10可见,三种衍生物分子的HOMO和LUMO轨道,主要来源于骨架C原子p电子的贡献,F原子的p电子和手性C原子所在环上的H的s电子对前线分子轨道有很小的贡献.D1的19F被H取代后不同的是,对于HOMO轨道,32H和5C没有贡献,而对于LUMO轨道,32H的s电子和5C的p电子贡献了这个具有反键特征的轨道.D1的20F被H取代后不同的是,31H对LUMO轨道有些贡献,而对HOMO轨道无贡献.当19F、20F均H分别取代时,5C和31H对HOMO和LUMO轨道分别是成键和反键轨道.
3 结论与展望
本工作基于密度泛函的b3lyp方法,计算研究了D分子手性对映体D1F被H取代的几种衍生物的结构、红外振动频率及分子前线轨道.结果表明,它们的解离产物会有所不同,它们的手型转变机制也将会不同.三种衍生物分子的HOMO和LUMO轨道,主要来源于骨架C原子p电子的贡献,F原子的p电子和手性C原子所在环上的H的s电子对前线分子轨道有很小的贡献,只有一个F被取代时,HOMO和LUMO电子密度分布不相同,说明这说明这两种衍生物具有不同的光电性质.
文中涉及到的衍生物,在孤立条件与限域条件下如何进行手性转化等问题还没涉及,还有待于进一步的研究.
[1]王道尚,等.丙氨酸分子的最优构型、能量及非键性质理论研究[J].城市建设理论研究,2013,(3):26~29.
[2]王文清,等.手性分子的宇称破缺:α-丙氨酸分子做了变温中子结构研究[J].物理化学学报,2004,(2):1345~1351.
[3]刘凤阁,等.孤立条件下手性α-丙氨酸分子结构特性的理论研究[J].吉林师范大学学报,2013,34(4):47~51.
[4]盛湘蓉.氨基酸手性分子的低温相变[D].北京:北京大学,1995:23~28.
[5]刘凤阁,等.手性α-丙氨酸分子羧基上氢转移的DFT研究[J].吉林师范大学学报(自然科学版),2014,35(1):88~90.
[6]Tian C.J.Molecular dynamics simulations at constant pressure and temperature.[J].Chem.Eur.J.2012,18:14305-14313.
[7]Wang ZG.Size dependence of nanoscale confinement on chiral transformation[J].Chem.Eur.J.2010.
[8]赵亚华.分子生物学教程[M].北京:科学出版社,2011.
[9]王佐成,等.飞秒激光作用下环己酮离子的解离通道[J].吉林师范大学学报(自然科学版),2009,20(2):9~11.
[10]Becke A.D.Density-functional thermochemistry.III.The role of exact exchange[J].Chem.Phys.1993.
[11]徐光宪,等.量子化学[M].北京:科学出版社,1999.