《生态环境学报》的各项学术质量指标都较高

据中国科学技术信息研究所2013年9月发布的《2013版中国期刊引证报告（核心版）》，《生态环境学报》2012年的核心影响因子为1.105（即在1994种中国科技核心期刊中统计的数据）、核心总被引频次为4025次，核心他引率0.93，基金论文比0.90（即90%）。影响因子、被引频次在生态学类（2013年新分出的一类）7种核心期刊中分别列第3和第4位，在全国1994种核心期刊中分别列第101和70位。

另据中国知网中国科学文献计量评价研究中心2013年11月发布的《中国学术期刊影响因子年报(自然科学与工程技术•2013版)》，《生态环境学报》2012年的影响因子为1.969，总被引频次为9832，影响因子在环境科学类66种期刊中的排序为第4位，在农业基础科学类20种期刊中的排序为第3位。5年影响因子为2.401。2012年Web全篇下载量为19.50万次。