开放信息获取(Open Access)在医学文献信息检索中的运用

俞 力 ，韦 青 ，刘 骥

（1.江苏大学附属医院，江苏镇江 212001；2.江苏大学，江苏镇江 212001）

开放信息获取(Open Access)在医学文献信息检索中的运用

俞 力1，韦 青2，刘 骥2

（1.江苏大学附属医院，江苏镇江 212001；2.江苏大学，江苏镇江 212001）

开放获取（open access）是国际学术界、出版界、图书情报界为了推动科研成果通过英特网免费、自由地利用而采取的运动。文章从促进生物医学信息的广泛交流出发。就生物医学信息资源的开放获取对医学科研合作产生深远的影响进行分析，发现其对平等、有效地利用医学科技成果具有重要的意义。

开放获取；医学文献；检索方法

开放获取（open access）是近年来国际学术界、出版界、图书情报界为了推动科研成果通过互联网免费、自由地利用而采取的运动。其目的是促进科学信息的广泛交流，促进利用通过网络进行科学交流与出版，提高科学研究的产出效率。医学科学信息资源的率先开放获取将对整个科学出版、科学信息交流、科学研究乃至科研合作产生深远的影响，对世界各国平等、有效地利用人类的科技文化遗产和科技成果具有重要的意义。

1 开放式获取定义

1.1 开放式获取(open access，OA)

被翻译为开放共享、开放取阅、开放近取、免费阅览等。

1.1.1 BOAI[2001 年 12 月 1～2 日，OSI（Open Society Institute）在布达佩斯（Budapest）召集学术期刊OA支持者的国际研讨会，并起草了“Budapest Open Access Initiative”（BOAI）宣言，最新修订版2005年3月27日]对OA的定义：“论文的全文可以免费供用户阅读、下载、拷贝、散发、印刷、搜索或链接”[1-2]。

1.1.2 《柏林宣言》由德国马普学会发起，http://www.mpg.de/portal/index.html，德国、法国、意大利等国的科研机构于2003年10月22日在德国柏林联合签署。宣言全称为《关于自然科学与人文科学资源的开放使用的柏林宣言》，旨在利用互联网整合全人类的科学与文化财产，为各国研究者和网络使用者提供一个免费的、更开放的科研环境。宣言呼吁各国科研机构向网络使用者免费开放更多科学资源，“以促进利用互联网进行的科学交流与出版”。对OA的定义：“全文在线免费获取，完全版本的论著储存在至少一个在线服务器中，以确保免费阅读，不受约束地传播……和长期的数据库式（Archive）储存。”

OA的出版方式包含很广，有出版后完全免费利用全文者，有的则限于出版后1年才公开使用的全文，有的出版社甚至仅提供免费的目录或摘要内容。

目前，国内对OA术语有诸多不同的译法，整理为：开放存取、开放获取、免费获取、开放使用。

1.2 OA出版公布模式与传统模式的差别

见表1。

表1 两者差别

1.3 现代医学信息交流和获取的新特点

主要有[3-4]：①医学文献信息越来越改变为网上的“虚拟”化和获取的现实化；②医学图书馆馆员既是数字化资源的管理者，又是网络资源挖掘者；③医学文献信息资源可通过无疆界的网络全球共享；④各国图书馆的潜在规模可无边界化;尤其是Google与诸多大学和公共图书馆的合作和欧洲数字图书馆一体建设规划的确定；⑤医学信息利用者在虚拟网络环境中，文献信息可快捷、无障碍地获取。

2 开放式获取的意义

2.1 OA是信息交流和出版模式发展的大势所趋

①商业出版的费用和利润不断增加；例如：埃尔塞维尔集团是世界上最大的科学文献出版商，每年出版1800余种高质量的科技和医学等学术期刊，销售额高达22亿美元；②另一方面，科学教育界并没有能够得到更多的经费去获得增加、增长的文献信息；③传统的出版模式实际上已经开始阻碍科学的交流与发展；④信息与情报管理人员和科学家起来共同倡议新的信息交流和出版摸式：开放获取（OA）。

2.2 OA的信息交流和出版模式的优势

2.2.1 作者—期刊/数据库—读者群三者之间的关系，①作者关注：投稿方便、广泛的读者群和显示度、高影响因子、快捷出版、编辑规范、高质量的同行评议；②读者关注：快捷出版、在线检索、阅读方便、高质量的研究成果、编辑的完整性与高质量；③期刊/数据库：重视被引率、内在的学术水平。

2.2.2 当今医学文献信息交流对出版界挑战与要求：①医学文献信息总量越来大、质量越来高。②提供医学信息检索并获取原始论文的二次信息服务正变得日益重要。③医学信息买卖最小单元不再是期刊的征订；可以按论文篇数或网络信息的页数计费。④医学信息开放存取、免费获取、公开获取、开放使用、开放式出版已变得并非无稽之谈。

2.2.3 生物医学网站的建设，进一步提高期刊的显示度。根据2004年4月，ISI发布了OA期刊的引用分析报告，对比了190种OA期刊与其他8 700余种期刊的被引情况进行了报告；目前 BMJ、JAMA、JBC 等均已成为 OA 期刊。例如：WJG《世界华人消化杂志》网（http：//www.wignet.com/）。

①2003年4月15日开通OA以来，截止2004年10月26日点击率已达2 826 231人次，平均每天超过5 000人次；②丰富内容与国际性检索系统和相关学会广泛链接1999～2004年8月WJG的SCI他引总数1 109次，逐年增加，期刊影响因子逐年提高。

3 国际生物医学开放式获取的现状与趋势

免费获取全文主要网站及网址[5-7]。

3.1 HighWire简介，http://intl.highwire.org/或者 http://china.highwire.org/

HighWire Press是提供免费全文的、全球最大的学术文献出版商之一，于1995年由美国斯坦福大学图书馆创立。最初，仅出版著名的周刊“Journal of Biological Chemistry”，目前通过该界面还可以检索PubMed收录的4 500余种期刊中的1 500多万篇文章，可看到文摘题录。已收录电子期刊850多种，其中超过846 760万篇文章可免费获得全文；这些数据仍在不断增加。HighWire Press收录的期刊覆盖以下学科：生命科学、医学、物理学、社会科学、生态、环境科学等。

3.2 科技搜索引擎：SCIRUS http://www.scirus.com/

Scirus是目前互联网上最全面、综合性最强的科技文献门户网站之一。包括167 million science-specific Web pages,1 460万条MEDLINE文摘；550万篇ScienceDirect全文；120万项USPTO的专利；近25万篇IDEAL全文；10 600篇NASA技术报告；将近26万篇来源于E-Print ArXiv的电子文献；1 410篇来源于CogPrints的电子文献；5 352篇来源于BioMed Central的全文；565条来源于Neuroscion的新闻；465种来自Chemistry Preprint Server的预印；14,878篇 Project Euclid全文；以及 Crystallography Journals Online（56 000 篇）;Scitation（230 000 篇）。

Scirus覆盖的学科范围包括：医学，农业与生物学，天文学，生物科学，化学与化工，计算机 科学，地球与行星科学，经济、金融与管理科学，工程、能源与技术，环境科学，语言学，法学，生命科学，材料科学，数学，神经系统科学，药理学，物理学，心理学，社会与行为科学，社会学等。

3.3 DOAJ简介，http://www.doaj.org/DOAJ（Directory of Open Access Journals）

其由瑞典的隆德大学图书馆（Lund University Libraries）建立，它提供有质量控制的可免费获取的网上电子期刊资源，它的目标是建成一个无学科、无语言限制的综合性的科学期刊系统，方便科研人员使用，并可提升期刊的显示度。目前该网站已收集了1 605种期刊，当前有401种期刊有一定的学术水平，并把这些期刊分成了17个大类，73 995余篇DOAJ全文服务。

该目录收录的均为学术性、研究性期刊，具有免费、全文、高质量的特点。其质量源于所收录的期刊实行同行评审，或者有编辑作质量控制，故而对学术研究有很高的参考价值。

3.4 Find Article，www.findarticles.com

FindArticles注重于提供最好最基本的检索结果。这里有许多不同的检索方法，约5 000 000篇文章是其他搜索引擎不能检索到的。资料来源于杂志、定期刊物、商业报告和报纸等。

3.5 Ingenta Connect,www.ingentaconnect.com

IngentaConnect是一个庞大的信息平台，不仅拥有高效率的管理还能提供功能强大而又不失灵活的服务。目前，已有超过25 000所研究机构在该网站注册并通过电子方式使用www.ingentaconnect.com，平均每月访问量超过1 900万。IngentaConnect广泛收集了各种学术和专业出版物，在这里可以搜索到17 991 682篇文章、章节及报告，可以浏览29 036种出版物。

3.6 Publist,www.publist.com

Publist的数据库中有超过150 000种杂志、刊物、时事通讯以及期刊。在这里可以找到世界上许多人们熟知的、以及一些难以找到的出版物中的详细资料,内容涵盖了上千个主题。

3.7 Free Full Text,www.freefulltext.com

FreeFullText.com网站维护了一个超过7000种的提供免费阅读全文的网络学术期刊资源列表，收录的期刊涉及政治、经济、医学、生物学、农业、计算机、物理、数学、教育等广泛领域。期刊的收录原则是：①被收录的期刊至少有一期在网上提供的免费全文内容；②这些内容互联网上的任何用户都可以免费获取。FreeFullText.com将这些期刊按照刊名字母顺序排列，每种期刊前详细标明了提供免费全文的年、卷、期部分和资源链接。一部分资源链接到该期刊的网站首页，一部分直接链接到免费卷期所在的网页。一旦期刊停止提供免费全文服务，FreeFullText.com将把它从列表中去除。如果同一期刊在不同的网站上发布它们的内容，并符合FreeFullText.com的免费规则，这些网站都会被收录进FreeFullText.com的列表。

3.8 Genamics Journal Seek,www.journalseek.net

Genamics Journal Seek是网上可以免费提供期刊信息的完全分类数据库当中最大的一个，它目前包含75 602多个主题，可以说是最全面的网上期刊信息分类数据库，截止到2006年12月17日，收录了2 884家出版社的期刊，其中生物学期刊5723种，医学类期刊8 872种。在Genamics JournalSeek的网站可以对期刊进行搜索，也可以按学科分类进行浏览。最终得到的结果是期刊简介和期刊网址链接。网站还提供出版社清单，清单按出版社出版的期刊数量分类，并且链接到各个出版社的网站。

这个网站与OCLC是合作关系。OCLC（联机计算机图书馆中心,Online Computer Library Center)是世界上最大的提供网络文献信息服务和研究的机构，主要提供以计算机为基础的编目共享、资源共享和咨询共享。

3.9 arXiv.org e-Printarchive

arXiv是美国国家科学基金会和美国能源部资助,于1991年8月由美国洛斯阿拉莫斯（Los Alamos）国家实验室建立的电子预印本文献库。其建设目的在于促进科研成果的交流与共享，帮助科研人员追踪本学科最新研究进展，避免研究工作重复等。主站点设在康乃尔大学www.arxiv.org，中国的镜像站点是http://cn.arXiv.org。

arXiv收录范围：目前包含物理学、数学、非线性科学、计算机科学等四个学科共计17万篇预印本文献。

arXiv收录内容：收录的论文除作者提交的外，还包括American Physical Society、Institute of Physics等 12 种电子期刊全文，但不包括非学术性信息，如新闻或政策性文章等。

arXiv著录项目：著录项目包括：文献出处、收录时间、arXiv存档号、标题、作者、文摘、学科主题分类，并提供参考文献和被引情况的链接。数据库的全文文献有多种格式（例如PS、PDF、DVI等），需要安装对应的全文浏览器才能阅读。尤其是PS格式，要求在UNIX系统下安装PS格式的浏览软件。因此，建议大家选择较为通用PDF格式浏览全文。

arXiv特色：研究者按照一定的格式将论文进行排版后，通过E-mail、FTP等方式、按学科类别上传至相应的数据库中。要说明的是，送入预印本库中的论文均未经过任何审核，也没有任何先决条件决定哪些论文可以送入e-print arXiv数据库中，实际上这是默认了文责自负的原则。收入该数据库中的论文可以随时受到同行的评论，论文作者也可以对这种评论进行反驳。论文作者在将论文提交e-print arXiv的同时，也可以将论文提交学术期刊正式发表。论文一旦在某种期刊上发表，在e-print arXiv的该论文记录中将加入正式发表期刊的有关信息。

3.10 PLoS,The Public Library of Science,www.plos.org

公共科学图书馆（public library of science，PLoS）是一家由众多诺贝尔奖得主和慈善机构支持的非赢利性学术组织，旨在推广世界各地的科学和医学领域的最新研究成果，使其成为一种免费的公众资源，科学家、医生、患者和学生可以通过这样一个不受限制的平台来了解最新的科研动态。PLoS出版了8种生命科学与医学领域的期刊，可以免费获取全文。

3.11 Free Medical Journals,www.freemedicaljournals.com

Free Medical Journals（免费医学期刊）由Amedeo Group创建，网上免费提供生物医学全文最多的期刊集合网站。该网站共收录1460余种生物医学全文期刊。目前它收录990种免费全文医学期刊，分 English、French、German、Portuguese、Spanish、Turkish及other language列出，内容包括免费医学杂志站点、出版后1～6个月免费的站点、出版后1年免费的站点、出版后2年免费的站点。网站的右面是新加的和取消的免费医学杂志站点。Free Medical Journals将免费全文期刊按检索者的不同需要提供以下几种浏览方法：①按专业分类排列，将所有免费期刊分成90多个专业，每一专业后在括号内用数字表明该专业免费期刊数；②按语种分为6类，同一语种下按期刊字母顺序排列；③按期刊提供免费的方式分为3类，同一方式下按期刊影响因子大小排列。

在今后的几年内,许多重要的医学期刊将会在这里全文免费提供。

3.12 BioMed Central,http://www.biomedcentral.com/

BMC（BioMed Central）是一家独立的出版社，致力于提供可直接免费获取的经过同行评议的生物医学研究结果。英国伦敦生物医学中心是最重要的开放存取杂志出版商之一，目前出版194种生物医学类学术期刊。BioMed Central收录的期刊范围涵盖了生物学和医学的所有主要领域，包括麻醉学、生物化学、生物信息学、生物技术、癌症、细胞生物学、微生物学、分子生物学、植物生理学 、遗传学、兽医学、进化生物学、医学情报与决策、医学教育、医学道德、家庭护理、皮肤病、血液液病、心血管疾病、内分泌失调、临床病理学、基因组生物学、放射医学、护理学、免疫学、老年 病学、眼科学、口腔医学、关节炎的诊断与治疗、药理学、生理学、儿科学、外科学、泌尿学、妇科学等57个分支学科。BioMed Central大多数期刊发表的研究文章都即时在PubMed Central存档并进入PubMed的书目数据库，方便读者检索与浏览全文。

3.13 PubMed Central(PMC),http://www.pubmedcentral.nih.gov/

PubMed Central（PMC）是 2000年1月由美国国家医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心（NCBI）建立的生命科学期刊全文数据库，旨在保存生命科学期刊中的原始研究论文的全文，并在全球范围内免费提供使用。目前加入PMC的期刊108种，另有8种期刊即将加入，这些期刊免费全文访问的时间延迟是出版后0～2个月，所有文献的浏览、检索、下载均是无需注册的，但只有注册用户可通过email自动获取PMC新刊通报。

3.14 Blackwell Synergy,www3.interscience.wiley.com/

Blackwell Synergy为Blackwell Publishing公司推出的电子期刊数据库，包含Blackwell与国际专业学术团体合作出版的绝大多数期刊，目前汇集了来自850多种国际性期刊的100万多篇文章全文。覆盖学科包括：生命及自然科学；医学；农业及动物科学；商业、经济、金融、财会、数学和统计；工程、计算和技术；健康科学；人文学科；法律；社会及行为科学；艺术。

4 结论

目前OA医学期刊正处于不断发展和壮大阶段。首先，期刊的数量一直在稳步增加，包括新创办的OA医学期刊和由传统基于订阅出版模式的期刊转变而来的OA医学期刊。其次，期刊所覆盖的学科范围突破自然科学领域，社会科学和人文科学领域的OA期刊始出。OA医学期刊在发展中国家和高福利保障国家中发展尤为突出。目前比较经典有DOAJ是由瑞典Lund大学图书馆创建和维护的OA期刊列表，该列表旨在覆盖所有学科、所有语种的高质量的OA同行评审刊。截至2005年6月14日，该列表已经收录1 605份OA期刊，其中有相当学术水平的期刊401种，73 995篇OA论文，涵盖农业和食物科学、生物和生命科学、化学等17学科主题领域。OA医学期刊发展已开始得到传统的文摘索引服务商的认可并成为它们收录的重点对象。据ISI期刊引文报告显示，截至2004年6月份，被权威文摘索引机构ISI收录的开放存取期刊已经有239种，占WOS系统（SCI、SSCI、A&HCI集成在该系统中）收录期刊的2.6%。由于OA医学期刊的创办时间比较短，除了少数OA医学期刊的影响因子超过同学科领域的传统期刊，大多数OA医学期刊的影响因子都不是很理想，绝大多数权威和经典的医学期刊仍为少数几家全文期刊出版商所垄断，但OA医学期刊的快引指数（Immediacy Index）相对而言都比较高。OA医学期刊的快引指数相对比较高，这一方面说明了OA医学期刊由于免费访问的特点比传统期刊能更及时有效地被医学科研人员所利用，另一方面也说明了，OA医学期刊也在逐渐被医学科研人员所认可。医学开放获取OA虽然受到诸多因素的影响，但从医学文献信息传播、交流、发展的特点和优势来看，医学文献信息的OA化是最富有前途的。国家采取和支持开放获取政策和战略，利用政策的杠杆作用，采取积极而有效的措施，推动开放获取运动，就会形成有利于科学信息传播，促进科研进程的保障机制，就能加快建立新的学术交流模式，为建立“科学发展观”和医学科技的可持续发展服务。

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The application of open access in medical literature retrieval

YU Li1,WEI Qing2,LIU Ji2
(1.Affiliated Hospital of Jiangsu University,Jiangsu Province,Zhenjiang 212001,China;2.Jiangsu University,Zhenjiang 212001,China)

Open access is the international academic circles,publication field,the book intelligence report field for the sake of the push research result passes internet free,make use of but adopt at liberty from promote extensive exchanges of the biomedical science information set open access to bring about profound influence on the medical science research cooperation for the biomedical science information resources,to equal,make use of the medical science and technology result to have the important meaning availably.

Open Access;Medical literature;The retrieval method

G25 R-05 TP393.4

B

1674-4721（2010）12（a）-155-04

江苏省镇江市分子内分泌重点实验室（SS2009012）；教育部出国留学人员科研启动基金（教外司留2006-331号）。

俞力（1968-），男，单位：江苏大学附属医院；职称：副主任医师。

2010-10-11）